在常规的病检中，经常可见到某些组织中出现有色物质，这些物质不管是机体自身产生的也好，还是从体外进入组织的，都统称为色素。
最常见的是在人体皮肤的基底细胞层。在HE染色后，可见到棕黄色的颗粒，此称为黑色素，在肺部被肺泡吞噬细胞后所见到的则为含铁血黄素，而在老年人的心肌细胞内所见的棕黄色颗粒称之为脂褐素，由于色素的来源不同，故有不同的名称，通常把它们分为几种类型：
一、内源性色素
色素由机体自己产生的色素，这些包括黑色素，含铁血黄素，脂褐素，胆红素，疟色素，血吸虫色素，寄生虫性色素和橙色血质等等。
1、血缘性色素，如血红蛋白，含铁血黄素，橙色血质，胆红素，疟色素、血吸虫色素。
①血红蛋白，正常时血红蛋白仅见于红细胞内，当出现溶血性疾病时，肾曲管可出现血红蛋白管型。血红蛋白是由珠蛋白和亚铁血红素组成，其中的二价铁紧密地结合在亚铁血红素的卟啉环中，一般的铁反应呈阴性。可用联苯胺法和白专利蓝法来给予证实。
②含铁血黄素，正常的情况下，在骨髓，肝和脾等处可见到少量的，由于它是一种血源性血红蛋白素，颗粒大小不一，形态不等，呈金黄色，故称为含铁血黄素。最常见于吞噬细胞内，细胞崩解后亦可见于细胞外。如心衰细胞，
由于长期的肺郁血和出血，可在肺泡内见含有大量含铁血黄素的心衰细胞，这些铁蛋白分子含高铁盐，用Perls法，Schmeltaer可将其显示出来。
③橙色血质，其化学结构与胆红素相同，但在组织细胞中出现的机制和存在部位不同，其颜色为金黄色，小菱形或针状结晶，或为无定形颗粒，可溶于碱性溶液中，它不含铁，Perls反应阴性。血红蛋白在无氧条件下可分解形成橙色血质，因此可常见于梗死组织，大出血灶或血肿的中心部，通常见于细胞外，但有时也可被巨噬细胞吞噬于细胞内。
④胆红素或者说胆色素，是由于它是组成胆汁的色素而得名，切片上见到的胆红素为淡黄色至淡褐色。折光性小的色素颗粒或团块。它的来源是血循环里衰老的红细胞，由网状内皮系统破坏后释放出的血红蛋白，经过一系列的分解过程，先形成间接胆红素，又称非结合胆红素，它在肝细胞内与葡萄糖醛酸结合，转化为水溶性的结合胆红素。由于胆红素在用VanGieson法显示时呈绿色，因而可用该法来显示胆红素。
⑤疟色素，是由疟原虫侵入红细胞后，将血红蛋白改变为一种黑褐色的颗粒，沉积于成熟的疟原虫死体内，当疟原虫死后，红细胞被破坏，色素被体内的网状内皮细胞所吞噬，故常见于肝、脾等器官的网状内皮细胞。
⑥血吸虫色素，它是由血吸虫吸食红细胞后消化血红蛋白时所形成的黄褐色色素，在化学结构上与疟色素相同，这两种色素含铁，但无活性，因而铁反应呈阴性。
血红蛋白是体内有色的亚铁血红素和无色素的珠蛋白二者的化合物，当血红蛋白破坏后，血红蛋白可分解成各种血源性色素。
血红蛋白→珠蛋白+亚铁血红素=疟色素，血吸虫色素(水解后)=含铁血黄素+橙色血质
2、非血源性色素（包括黑色素，假黑色素，脂褐素，血褐素，蜡样色素，嗜铬色素，肠嗜铬细胞，亲银颗粒，嗜银细胞颗粒）
①黑色素，镜下该色素常为淡黄棕色至深褐色的颗粒，大小不等，形状不一，均匀地散布于胞质内或胞质的边缘，皮肤中的黑色素是由一种被称为黑色素母细胞所产生，它来源于神经嵴，在胚胎发育过程中，由神经嵴移行到皮肤等处。这种细胞含有合成黑色素所必需的酪氨酸氧化成黑色素，人体中的黑色素，主要存在于皮肤的基底细胞。毛发的毛球。眼球的虹膜和睫状体，中脑的黑质，偶见于淋巴结。在病理情况下，良性肿瘤的可见于痣，恶性肿瘤的可见于恶性黑色素瘤。显示黑色素的方法有Masson-Fontana.该法的染色原理主要是根黑色素具有还原硝酸银的能力，把黑色素还原为于镜下可见的黑色金属银。另外，应用免疫组织化学的方法，也可将黑色素给予显示出来，如S—100，HMb45。
②假黑色素，它是出现于大肠粘膜的一种类似黑色素的棕 黄色色素，但并非真正的黑色素，故称为假黑色素。它可能是由于肠内蛋白质腐化后，经过粘膜中某处与酷氨酸相似酶的作用而形成的色素。
③脂褐素，又称棕 色萎缩性色素或消耗性色素。大约会50%为脂类物质，其余为蛋白质和其它物质。它主要见于老年或患慢性消耗性疾病的患者。如老年人的心肌细胞，肝细胞，肾上腺皮质的网状带和神经节细胞内，主要位于细胞的两端（心肌）或者在细胞核的周围。它的出现可能是由于细胞中的自噬溶酶体（胞溶液体）内的细胞器具碎片发生某种物理化学变化，不能被酶 消化而形成的一种不溶性的残留小体，也可以说脂褐素变是类脂的氧化产物。早期脂褐素能被苏丹染色，晚期由于具有还原能力，可用Schmord法或者PAS显示。
二、外源性色素
由外界寻入的色素，它们主要是被肺部的吞噬细胞所吞噬的尘埃，炭沫，矽，钙铜，锌，铅等等。
三、人为色素
人为色素是人们在工作中无意造成的色素，比如某些含血较多的组织或器官，当用甲醛固定后，由于甲醛含有较多的杂质，导致了福尔马林色素的形成。还有含氯化汞盐沉着，苏木素染液中的氧化物附着，同时要提倡使用中性缓冲福尔马林固定液，如此可增加对铁离子的检出速度，避免福尔马林色素的形成。
当出现上述色素时有的可以马上鉴定出来，有的则难以鉴别，这主要是由于它们HE染色都呈黄棕色或黑褐色的颗粒，因此必须靠某些特殊的方法给予区别，方能作出正确的判断。
