毛发种植的手术并发症很少。最常见的是新生毛发不自然，呈簇状分布，但这种问题可通过改变发型解决，也可再行一次种植治疗。种植毛发周围的瘢痕可能较明显，这个问题也可通过改变新发生长方向的方式解决。出血对种植头发的成活有一定的损害，但出血对身体健康不会有多大危害。
头皮部分切除术可在头顶部遗留较宽瘢痕，尤其在切除皮肤较多、缝合张力较大时更是如此。头皮办转移术也会在供区留下较明显的瘢痕。
头皮扩张可能是所有这些手术中并发症内型最多的，且并发症都与扩张器有关，常见的扩张器的渗漏、不张、露出等等，病发症的出现意味着手术失败。扩张失败后可以在3个月后重新手术。
